“정말 슬픈 사실은, 동생이 자폐 진단을 받은 후부터 내 자리가 사라져 버렸다는 거야.동생만 돌보는 엄마, 회사 일로 바쁜 아빠, 세상 누구에게도 관심이 없는 동생 사이에서나는 외톨이가 되어 버렸어”

'엠마'는 자폐증이 있는 동생 '아멜리아'를 진심으로 사랑하지만 아멜리아가 발작을 일으킬 때면 창피하고 ‘아멜리아가 집으로 돌아오지 않았으면...’ 하는 생각을 가끔씩 하곤 한다. 아멜리아의 치료를 위해 파리로 전학을 오게 된 엠마는 시골에서 이사 왔다는 이유로 조르단 패거리에게 놀림을 당하게 되지만 상냥한 '알리시아'의 도움으로 곤경에서 빠져나온다. 엠마는 알리시아와 친해지고 싶었지만 알리시아가 자신의 집에 오게 되어 아멜리아를 보는 난처한 상황이 벌어질까봐 일부러 친구 없이 지내기로 마음먹는다.

자폐아 동생으로 인해 평범한 열두 살의 생활을 누리지 못하는 엠마의 마음을 이해하지 않으려는 엄마, 일을 핑계로 아멜리아 문제를 신경 쓰지 않는 아빠 사이에서 자신의 꿈과 고통을 외면당했다고 느낀 엠마. 그러던 어느 날 음악선생님은 반 친구들과 엠마의 피아노 콩쿠르에 응원하러 가겠다는 소식을 전했고, 엠마는 반 아이들이 공연장에서 난동을 피우는 아멜리아를 비웃는 모습을 떠올리게 된다. 설상가상으로 콩쿠르에 아멜리아를 반드시 데려가겠다는 엄마의 결정에 엠마는 콩쿠르에 나가지 않고 가출까지 하기로 결심한다.

집에서 나온 엠마는 알리시아가 알려준 비밀의 정원에서 '루실' 할머니가 들려준 이야기를 통해 자신의 분노에서 찾은 열정을 피아노 연주로 표현하는 방법을 알게 되었다. 때마침 자신을 찾으러 와준 알리시아를 통해 자기에게 무관심하다고 생각했던 엄마의 속마음과 가족들의 진심을 알게 된다. 아멜리아의 손을 잡고 콩쿠르 무대에 오른 엠마는 관객들에게 양해를 구하고 마음속의 음표를 아름다운 연주로 만들어낸다. 이 일을 계기로 엠마는 삶의 행복이 위협받는 상황까지도 받아들여야 하지만 그만큼 아름다운 인생임을 깨닫게 된다.